用于提高蛋白质与配体之间结合的阻断概率的方法和系统-k66凯时

申请/专利权人：深圳太力生物技术有限责任公司

申请日：2022-08-29

公开（公告）日：2024-03-08

公开（公告）号：cn117672347a

主分类号：g16b15/30

分类号：g16b15/30

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.03.08#公开

摘要：本发明公开了一种用于实现蛋白质与配体之间高阻断概率的方法，包括：获取原蛋白质的所有热点原子、以及原蛋白质‑配体复合物的相互作用原子，进而获取其相互作用平面，根据相互作用平面将原蛋白质的所有热点原子划分为外、中、上、下四层，针对四层的每一个热点原子而言，建立以该热点原子的坐标为球心的球体，获取原蛋白质被改造以后该球体内部所包含的新增原子数量作为该热点原子对应的球体新增原子数，从四层中任选一个热点原子，判断该热点原子的球体新增原子数是否小于等于该热点原子的球体新增原子数阈值。本发明能够解决现有计算掩蔽肽覆盖率的方法中存在的覆盖率准确率低，进而降低了蛋白质与配体之间结合的阻断概率的技术问题。

主权项：1.一种用于提高蛋白质与配体之间结合的阻断概率的方法，其特征在于，包括以下步骤：1获取原蛋白质的所有热点原子、以及原蛋白质-配体复合物的相互作用原子；2根据步骤1得到的原蛋白质-配体复合物的相互作用原子获取其相互作用平面；3根据步骤2得到的相互作用平面将原蛋白质的所有热点原子划分为外中内三层，根据内层的热点原子与相互作用平面的距离将内层的热点原子划分成上下两层，从而形成外、中、上、下四层；4针对步骤3得到的四层的每一个热点原子而言，建立以该热点原子的坐标为球心的球体，获取原蛋白质被改造以后该球体内部所包含的新增原子数量作为该热点原子对应的球体新增原子数；5从步骤3得到的四层中任选一个热点原子，针对该热点原子而言，判断步骤4获取的该热点原子的球体新增原子数是否小于等于该热点原子的球体新增原子数阈值，如果是则将该热点原子放入被覆盖原子集合，然后进入步骤6，否则进入步骤6；6针对步骤3得到的四层中的剩余热点原子，重复上述步骤5，直到所有热点原子均被处理完毕为止；7根据被覆盖原子集合中的热点原子总数和步骤1获取的原蛋白质中热点原子的总数计算覆盖率；8构建由多个可变参数所构成的搜索空间；9获取n个改造后蛋白质与配体之间的n个掩蔽倍数，在步骤8得到的搜索空间中指定不同的m个可变参数组合，针对每个可变参数组合而言，通过步骤3至7计算得到n个覆盖率，从而得到n个覆盖率和n个掩蔽倍数之间的1个斯皮尔曼相关系数，并最终得到与m个可变参数组合对应的m个斯皮尔曼相关系数，从中选择最大斯皮尔曼相关系数对应的可变参数组合；其中n和m为任意自然数。10根据步骤9得到的可变参数组合，结合上述步骤1至7获取最终的覆盖率，并根据最终的覆盖率对原蛋白质进行调整。

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